20 ans d’innovations en génomique au service des transitions agricoles et environnementales
Créée en 2006, la plateforme Gentyane est aujourd’hui un acteur clé de la génomique en France et en Europe. Rattachée à INRAE et plus précisément à l’unité mixte de recherche Génétique diversité et écophysiologie des céréales (GDEC), elle célèbre en 2026 deux décennies d’expertise consacrées à une mission essentielle : décrypter le patrimoine génétique du vivant pour répondre aux grands défis actuels.
Labellisée Infrastructure Scientifique Collective INRAE, membre de l’infrastructure nationale Genomics INRAE et du programme France Génomique, certifiée ISO 9001 et NF X50-900, Gentyane s’appuie sur un haut niveau d’exigence scientifique et technologique. Depuis 20 ans, elle a accompagné plus de 1 700 projets portant sur plus de 300 espèces végétales et animales, mobilisant une équipe d’ingénieurs et de techniciens spécialisés en génotypage et séquençage.
Une révolution technologique en 20 ans
En deux décennies, la génomique a connu une accélération spectaculaire, passant d’approches longues et coûteuses – tant financièrement qu’humainement, à des technologies rapides, accessibles et à très haut débit, mais d’un niveau technologique toujours aussi exigeant.
À titre d’exemple, le séquençage complet du génome du tournesol, réalisé en 2016, avait nécessité 1 an ½ de travail et un investissement d’environ 1 million d’euros. Aujourd’hui, grâce aux nouvelles générations de séquenceurs comme le Pacific Biosciences Revio – installé à Gentyane en 2023, une première en France – cette opération peut être réalisée en 24 heures pour un coût d’environ 3 000 euros.
Cette avancée repose notamment sur le séquençage de fragments longs d’ADN, permettant d’obtenir des génomes complets avec une précision inégalée. Le Revio est jusqu’à huit fois plus performant que les technologies précédentes, illustrant une dynamique d’innovation continue. « Nous sommes passés d’une logique d’exploration à une capacité d’analyse massive et fine du vivant. Aujourd’hui, produire des données coûte parfois moins cher que les stocker », souligne Charles Poncet, responsable de la plateforme.
Comprendre et exploiter la diversité génétique
« Au sein de l’ADN, il s’agit d’identifier une base qui diffère », Charles Poncet - responsable de la plateforme Gentyane
Au-delà du décryptage, c’est l’identification de polymorphismes, ces variations génétiques qui déterminent des caractères d’intérêt agronomique, environnemental ou zootechnique que les scientifiques mettent à jour. « Au sein de l’ADN, il s’agit d’identifier une base qui diffère », précise Charles Poncet.
Ces analyses permettent notamment :
- d’accélérer la sélection variétale des plantes face au changement climatique ;
- d’identifier des espèces ou lignées plus résistantes aux stress (sécheresse, maladies) ;
- d’accompagner l’évolution des espèces animales dans des environnements en mutation.
Le blé, espèce emblématique étudiée à Gentyane, illustre ces enjeux : son génome, d’une densité et complexité comparable à une encyclopédie de 30 volumes de 1 000 pages chacun, est au cœur des recherches pour une agriculture plus durable.
Des applications concrètes au service de la société
Les travaux de Gentyane trouvent des applications directes dans de nombreux domaines. Pour n’en citer que quelques-uns parmi les 1723 projets déjà menés :
- Aquaculture : le sexage précoce de l’esturgeon, grâce à l’identification de marqueurs génétiques, permet d’optimiser la production sans attendre la maturité sexuelle (6 ans).
- Écologie et biodiversité : l’étude de la diversité génétique de populations de marmottes dans le massif des Écrins, à partir de simples poils, permet de retracer leurs déplacements et leur dynamique de reproduction.
- Agriculture : développement de variétés adaptées aux contraintes climatiques et aux pratiques agroécologiques.
« Développer et décrypter le patrimoine génétique, c’est contribuer à construire des solutions durables pour la société. », Jérôme Salse, directeur unité GDEC
Face aux défis globaux – changement climatique, sécurité alimentaire, préservation de la biodiversité – les technologies de génotypage et de séquençage jouent donc un rôle stratégique. Gentyane s’inscrit pleinement dans cette dynamique, en assurant une veille technologique permanente et en faisant l’acquisition et s’appropriant des outils toujours plus performants, rapides et accessibles. Elle agit également comme partenaire scientifique, accompagnant les projets dès leur conception pour orienter les choix méthodologiques.
Au-delà de la performance technologique, ces avancées soulèvent aussi des enjeux sociétaux majeurs : gestion et stockage des données massives, partage des ressources génétiques, accessibilité des technologies, et acceptabilité des innovations en génomique. « Développer et décrypter le patrimoine génétique, c’est contribuer à construire des solutions durables pour l’agriculture, l’environnement et la société », rappelle Jérôme Salse, directeur de l’unité GDEC.
La récolte débute ou débutera prochainement pour les pois et féveroles selon les typologies hiver/printemps. Le contexte climatique de cette année a fortement accéléré le cycle des cultures et la récolte approche avec beaucoup d’avance pour certains secteurs. La phase de récolte est toujours un chantier délicat pour les légumineuses, nécessitant de prendre son temps. Il est important d’intervenir au bon moment et avec les bons réglages afin de minimiser les pertes à la récolte et la casse de graines, risques non négligeables sur ces cultures. Voici quelques conseils techniques.
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de riches échanges techniques
Tour de plaine du groupe GIGAN dans le Cher : partager les observations pour construire la suite
Le 22 mai, les participants du groupe GIGAN (projet Ecophyto II+ sur la Gestion Intégrée des Graminées Adventices) du Cher se sont réunis dans les champs. Au programme, visiter les parcelles suivies dans le projet pour faire le bilan de la campagne écoulée et envisager la suite. FDGEDA du Cher, Terres Inovia et agriculteurs du secteur ont pu avoir de riches échanges techniques en s’appuyant sur les situations des parcelles visitées.
Une plateforme système qui commence à livrer ses enseignements
Sur la plateforme où sont conduits simultanément un système de culture classique (celui pratiqué historiquement par l’agriculteur : colza – blé – maïs – blé) et un système de culture « innovant » (réfléchi collectivement pour mieux gérer le ray-grass présent en nombre sur la parcelle avant le commencement du projet, avec introduction d’une double culture de printemps maïs - tournesol et un labour tous les 4-5 ans), la comparaison est déjà intéressante.
Cette campagne 2026, le tournesol du système innovant, qui suit le duo labour puis maïs, suivi de mulchage et faux-semis à l’automne, est aujourd’hui plus propre que le blé du système témoin. Dans le tournesol un programme adapté au ray-grass a été fait en prélevée et il a été biné depuis. Seules quelques touffes de ray-grass tallé persistaient avant binage, mais l’effet de la gestion du stock semencier était bien visible.
Des situations contrastées au sein du réseau
Une autre parcelle du réseau était coupée en deux : une partie en prairie de ray-grass suite à une luzerne qui n’a pas bien levé en 2025 et une partie en colza derrière une orge d’hiver labourée.
La prairie a été fauchée l’après-midi même de notre visite, juste après notre passage. Les graines des ray-grass très nombreux ne retourneront ainsi pas au sol. On espère ce déstockage efficace pour assainir la parcelle, qui sera en tournesol l’année prochaine. Des faux-semis puis labour avant tournesol permettront de mettre « toutes les chances de son côté » et de renforcer le nettoyage.
Le colza, lui, après un programme métazachlore en prélevée puis propyzamide en entrée hiver, avait une moindre infestation mais celle-ci restait élevée pour un tel programme, montrant qu’il faut miser encore sur davantage de leviers combinés.
Quand certains leviers ne sont pas mis en œuvre
On pouvait s’attendre à un salissement en graminées plus léger sur deux autres parcelles satellites implantées en blé après un tournesol qui avait été labouré au préalable. Mais malheureusement, le levier retard de la date de semis pour le blé n’a pas été appliqué et n’a pas permis d’améliorer la situation.
La parcelle satellite suivante, en blé également mais en précédent maïs labouré, avec les programmes recommandés pour les graminées en maïs puis en blé, était plutôt propre.
Réfléchir aux cultures de demain
Enfin, la dernière parcelle visitée, implantée en blé derrière un colza puis des faux-semis, nous a donné à réfléchir quant à la culture suivante à implanter pour 2027, étant donné la caractéristique trop superficielle du sol argilo-calcaire caillouteux.
Cette situation montre que, dans certains contextes, le choix de la culture peut être un casse-tête. Lorsque le labour est difficile à mettre en œuvre (mauvais retournement et enfouissement des graines d’adventices), les leviers de gestion des graminées peuvent être plus limités. Cela amène parfois à envisager des cultures pérennes fauchées comme la luzerne, ou d’autres cultures plus rares comme le millet, qui a l’avantage de bien supporter le sec et d’être vraiment en décalage par rapport aux levées de ray-grass et de vulpin.
Rendez-vous la campagne prochaine
Les discussions techniques étaient donc riches et animées, beaucoup de matière à suivre l’année prochaine surtout quand les résultats auront avancé. Rendez-vous donc lors de la campagne prochaine !
En règle générale, les tarifs de moisson ne sont quasiment jamais facturés directement à la tonne, mais plutôt à l’hectare ou à l’heure de batteur. Cependant, on peut facilement convertir ce coût à la tonne de blé en fonction du rendement de la parcelle, et ainsi pouvoir l’intégrer plus facilement dans des réflexions de calculs de charges de mécanisation et de prix objectif de vente.
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ARVALIS & Terres Inovia infos Céréales et oléoprotéagineux : les variétés qui sortent du lot
Le numéro spécial variétés de blés, d’orges et de colza d’ARVALIS & Terres Inovia Infos est sorti. Il est disponible en quatre éditions régionales à feuilleter ou télécharger.
Comme à l’accoutumé, ce numéro rappelle d’une part les différents critères à hiérarchiser pour le choix des variétés de blé tendre, blé dur, orge d’hiver et colza, avec des préconisations pour chaque grande région et les caractéristiques des principales variétés disponibles. D’autre part, des focales précisent les enjeux dans certains contextes : le choix variétal en blé bio, la préparation des semis de colza, la gestion des graminées automnales dans le colza et l’intérêt des bandes fleuries pour gérer les grosses altises.
Téléchargez l’édition 2026
Comment identifier les meilleures variétés de colza adaptées à sa région ? Grâce au réseau d’essais élargi conduit par Terres Inovia. Les performances des variétés – productivité, régularité, tolérance aux maladies – sont analysées avec un affichage régionalisé pour coller au plus près des réalités de terrain. Les tableaux et graphiques ont été présentés dans Arvalis & Terres Inovia infos de juin 2026, consultable en ligne.
Les variétés de colza d’hiver, après leur inscription au catalogue par le CTPS, font l’objet d’une évaluation par Terres Inovia. Celle-ci a lieu dans un réseau d’essais multi-local, qui couvre l’ensemble des régions de production. Afin d’évaluer plus de variétés, Terres Inovia a mis en place un nouveau réseau variétés colza avec plusieurs séries variétales dont un tronc commun. Ainsi les variétés sont présentes dans un nombre d’essais différent.
Pour pouvoir comparer les variétés, les indices de rendements sont donc désormais exprimés par rapport aux témoins (en 2025 : Bessito, Felicano KWS et Helypse).
Depuis 2023, trois nouveaux grands regroupements ont été créés : quart Nord-Est, quart Nord-Ouest et moitié Sud. Les regroupements régionaux habituels sont conservés. Dans une quinzaine de lieux sont ajoutées des variétés issues du catalogue européen et des variétés résistantes à certains pathotypes de hernie des crucifères.
Ces essais font l’objet d’une double validation agronomique et statistique très rigoureuse. S’ils sont retenus, ils sont alors regroupés par grandes régions.
Ces données sont le résultat d’un travail collectif. Le réseau est composé d’environ cent essais mis en place, et réalisés en étroite collaboration avec nos partenaires du développement agricole : organismes stockeurs (coopératives ou négociants), Organismes professionnels agricoles (chambres d’Agriculture, Groupements de développement agricole, Centre d’études des techniques agricoles, lycées agricoles...), et avec l’Union française des semenciers.
Outre les aspects productivité et caractères technologiques, Terres Inovia conduit également des essais spécifiques pour l’évaluation de la tolérance aux maladies des variétés.
Consultez les tableaux et graphiques récapitulatifs
Les tableaux présentent les principales caractéristiques des variétés évaluées en 2025. Les graphiques reprennent les performances obtenues pour le rendement (en pourcentage de la moyenne des témoins) : la longueur des barres illustre la régularité de la variété ; elle est égale à deux écarts types (ET). Plus la barre est longue, plus la variété est irrégulière.
Pour retrouver davantage d'informations sur les variétés, rendez-vous sur Myvar.
Terres Inovia identifie les pratiques-clés selon le contexte de chaque parcelle pour optimiser la mise en place de l’oléagineux. Un focus sur l’association colza-légumineuses est proposé dans un article paru dans le numéro de juin 2026 d'Arvalis & Terres Inovia infos.
L’implantation est une phase déterminante pour obtenir un colza robuste qui sera moins sensible aux aléas (climatiques, bioagresseurs), à même d’exprimer son potentiel de rendement, tout en nécessitant moins d’intrants.
Obtenir un colza robuste est donc important dans toutes les situations, et particulièrement indispensable dans les secteurs exposés aux risques d’insectes ravageurs d’automne. Si les objectifs sont universels (une levée précoce avant le 1er septembre, une croissance dynamique et continue à l’automne avec une biomasse en entrée hiver d’au moins 1,5 kg/m² et 60 g/plante), les pratiques doivent être adaptées à chaque situation.
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Connaître et contrôler le souchet comestible dans les maïs
Encore cultivé en Espagne pour ses tubercules, le souchet comestible est une adventice invasive difficile à éradiquer une fois installée. Présent un peu partout en France, il met à l’épreuve les stratégies de désherbage, notamment en grandes cultures et en maraîchage. Gros plan sur des éléments de reconnaissance et de lutte en culture de maïs.
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Des initiatives pour renforcer le travail collectif dans les Cuma
Du 15 au 19 juin, le réseau Anact-Aract organise la Semaine pour la Qualité de Vie et des Conditions de Travail (QVCT).
Cette édition 2026, placée sous le thème Manager, c’est tout un travail !, invite les organisations à réfléchir au rôle du management dans la qualité du travail, la coopération au sein des équipes et l’accompagnement des transformations.
Des enjeux qui résonnent particulièrement dans le réseau Cuma, où la réussite des projets collectifs repose avant tout sur l’engagement des femmes et des hommes qui les font vivre.
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Les priorités de la recherche se dessinent en Occitanie
À mi-parcours, la démarche CoRAE en Occitanie a permis de recueillir plus de 4 300 contributions pour rapprocher la recherche en agriculture, alimentation et environnement des besoins du terrain et répondre aux grands défis à venir.
CoRAE est une consultation citoyenne pionnière qui associe panels de citoyens et collèges d’acteurs locaux (agriculteurs, scientifiques, collectivités, filières, associations) afin de coconstruire les orientations de la recherche. La démarche se déroule en plusieurs étapes : appropriation des enjeux, ateliers de travail, puis traduction en questions de recherche.
Une mobilisation large pour faire émerger les priorités
Cette première phase a permis de partager un socle commun de connaissances, grâce à huit webinaires ouverts à tous et quinze fiches thématiques portant sur l’économie agricole, le climat, l’eau, la biodiversité, l’alimentation, la santé et l’élevage.
Dans un contexte de renouvellement des générations, de changement climatique et de raréfaction de l’eau, elle a fait émerger les principaux besoins et défis à l’échelle régionale. Lors des premières rencontres, les participants ont croisé enjeux transversaux (économie, climat, renouvellement des générations, filières...) et réalités de terrain pour les productions et les territoires occitans (vigne, grandes cultures...).
Les échanges ont installé un cadre de travail exigeant et constructif, favorisant l’expression de points de vue variés et l’émergence de propositions nouvelles, y compris sur des sujets sensibles.
Des priorités claires pour accélérer les transitions
Plusieurs objectifs partagés se dégagent à ce stade :
- Adapter l’agriculture au changement climatique en renforçant les approches territoriales et la résilience des
- exploitations.
- Sécuriser les revenus agricoles pour lever les freins à l’innovation et à la transition.
- Accompagner la diversification des productions, à condition de structurer des filières capables de soutenir
- les débouchés et les investissements.
- Concevoir des modèles pour la répartition équitable de l’usage de l’eau.
- Accélérer la diffusion des solutions via des expérimentations en conditions réelles (fermes pilotes,
- démonstrateurs, living labs).
- Mieux prendre en compte les attentes sociétales, en travaillant sur les controverses, l’acceptabilité et le
- dialogue entre agriculture et société.
- Faire évoluer les modes de recherche et de partenariat pour mieux répondre aux besoins du terrain.
La consultation fait également ressortir des pistes plus disruptives à explorer, comme la création de variétés « éponges » capables de fixer l’humidité nocturne, l’importation massive de génétique du Sahel, la sélection génétique animale pour une émission de méthane zéro, une assurance transition pour l’arrêt des intrants, la sécurité sociale de l’alimentation ou encore les paiements pour la santé environnementale et sanitaire.
Prochaine étape : traduire en questions de recherche
La démarche entre désormais dans une phase décisive. Ce samedi 13 juin à Carcassonne, les participants ont traduit ces priorités en premières questions de recherche, d’innovation et de développement. Les orientations finales seront présentées lors du forum régional du 7 octobre à Toulouse.
Quelques chiffres :
- Plus de 4 300 contributions recueillies à mi-parcours
- 8 webinaires et 15 fiches thématiques
- 86 participants aux premiers ateliers
- 52 membres de panels et 70 membres de collèges mobilisés
- Une équipe d’une dizaine de personnes en appui à la coordination, appuyée par 20 experts
L’Observatoire de la qualité des tourteaux, piloté par Terres Univia, qui en a confié la mise en œuvre à Terres Inovia, vient de publier ses résultats pour la campagne 2024-2025. Sur cette période, 4,36 millions de tonnes de graines ont été triturées, soit une hausse de 3,6% par rapport à la campagne précédente.